Als erste Bewohner hinterliessen die Pfahlbauer vor 3000 bis 5000 Jahren Spuren in unserer Gegend. Sie bauten an den Seeufern Wohnhütten und ganze Dörfer aus Holz und Schilf, kannten bereits den Ackerbau und hielten Haustiere. Ihre Werkzeuge stellten sie aus importierten Feuersteinen, riesigen Geschiebesteinen, Holz und Horn, später auch aus Kupfer, Bronze und Eisen her.

Aus der Helvetier- und Römerzeit sind aus unserer Gemeinde fast keine Funde bekannt, wohl aber aus dem Wald von Oberuster (Römerbrünneli).

Die Burg liess wahrscheinlich ein Graf von Rapperswil zur Herrschaftssicherung im frühen 13. Jahrhundert errichten. Im Jahre 1300 verkaufte Elisabeth, die letzte Gräfin von Rapperswil, Schloss und Herrschaft an den Ritter Hermann von Hohenlandenberg, Marschall bei den österreichischen Herzögen. Dessen Sohn, Hermann der jüngere, liess in der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts in der Ostecke der Stadtmauer eine dem hl. Gallus geweihte Kapelle von dreieckigem Grundriss - unsere heutige Kirche - errichten.

Im Jahre 1369 gingen Schloss und Herrschaft Greifensee an die Grafen Friedrich Donat und Diethelm von Toggenburg über, die es 1402 an die Stadt Zürich verpfändeten. Das Pfand wurde nie wieder eingelöst. So wurde Greifensee zur ersten Landvogtei der Stadt Zürich. Die Landvögte wirkten hier als Statthalter der Stadt. Der bekannteste und originellste von ihnen, Salomon Landolt, regierte von 1781 bis 1786 auf Schloss Greifensee.

Der Alte Zürichkrieg (1436 bis 1450) endete für Greifensee mit einer Katastrophe. Im Mai 1444 wurden Städtchen und Schloss von den Eidgenossen belagert. Die Besatzung unter der Führung von Wildhans von Breitenlandenberg zog sich, nachdem sie das Städtchen selber angezündet hatte, um Mitte Mai ins Schloss zurück und musste sich am 27. Mai schliesslich ergeben. Die 64 Verteidiger wurden von den Eidgenossen nach Nänikon geführt und dort am 28. Mai 1444 bis auf zwei Mann enthauptet. Ihre Hinrichtung wurde selbst in jenen rauen Kriegszeiten als harte und ungerechtfertigte Exekution empfunden. Erst 1520 wurden Schloss und Städtchen wieder aufgebaut.

Bis 1798 regierte die Stadt Zürich uneingeschränkt über die Landschaft. Die Franzosenzeit von 1798 bis 1813, als die Schweiz ein Vasallenstaat Frankreichs war, räumte mit dem Untertanenverhältnis der Landschaft zur Stadt auf.

In der Restaurationszeit von 1814 bis 1830, als in Zürich die Aristokratie wieder ans Ruder kam, wurden die Oberämter eingeführt. Greifensee wurde Sitz eines solchen Oberamtes. Der Ustertag vom 22. November 1830 bewirkte den Sturz der Aristokratie, und die neue Kantonsverfassung von 1831 brachte neben der Gleichheit aller Bürger vor dem Gesetz die Aufhebung der Oberämter und die Schaffung der Bezirke.

Das Oberamt Greifensee wurde in einen Bezirk umgewandelt und Uster zu dessen Hauptort erklärt. Damit verlor Greifensee seine politische Bedeutung. 1875 wurde noch die im Hause "Greifenstein" untergebrachte Landschreiberei nach Uster verlegt und fortan Notariat genannt.

Das Schloss Greifensee ging zu Anfang des 19. Jahrhunderts dem Zerfall entgegen. Die neue Kantonsregierung verkaufte es 1833 samt dem dazu gehörenden Landwirtschaftsbetrieb für 10'000 Gulden an Kaspar Schulthess-Escher in Zürich. 103 Jahre blieb es in Privatbesitz und wechselte in dieser Zeit mehrmals seinen Besitzer: 1858 bis 1861 gehörte es dem «Spinnerkönig» Oberst Heinrich Kunz von Oetwil, 1861 bis 1911 der Familie Escher-Hotz, 1912 bis 1935 der Familie Spöndlin, welche im Schloss wohnte. Seit 1935 ist es wieder im Besitze des Kantons, welcher es 1990 der Stiftung Schloss Greifensee als Ort der kulturellen Begegnung, Weiterbildung und Information verpachtet hat.

Ein völlig neues Aussehen bekam Greifensee in den Jahren 1966 bis 1977. Die Einwohnerzahl stieg von 400 auf über 5000 Personen. Hochkonjunktur und Wohnungsnot waren die Auslöser für ein vom Kanton ausgearbeitetes Richtmodell, welches die Erstellung vom 8-geschossigen Wohnbauten ermöglichte. Die Gemeinde unternahm grosse Anstrengungen, um die vielen neu Zuziehenden zu integrieren und um in kurzer Zeit die notwendigen Infrastrukturanlagen zu schaffen.