Die Anfänge des Greifensees verlieren sich im 17. Jahrtausend vor Christus. Damals setzten die Gletscher der letzten Eiszeit zum Rückzug an. In einer der vielen vom Gletscher gebildeten Mulden entstand der Greifensee. Vor rund 15'000 Jahren präsentierte er sich als langgezogenes, an den Ufern ausgefranstes Gebilde, das sich von Grüningen bis nach Hermikon bei Dübendorf erstreckte.
Schon früh lockte der Greifensee Nomaden, welche die Wälder durchstreiften und hier und dort ihre Zelte aufschlugen (8000 bis 4500 v. Chr., Mesolithikum/Mittelsteinzeit). In der nachfolgenden Jungsteinzeit (Neolithikum, 4500 bis 2500 v. Chr.) lebten die ersten sesshaften Bauern am See (im Volksmund die sog. Pfahlbauer) Das älteste jungsteinzeitliche Dorf auf dem Gemeindegebiet Greifensee ist Storen/Wildsberg und datiert aus der Zeit 3762 bis 3755 v. Chr. (2011 hat die UNESCO verschiedene Pfahlbauten als elfte Schweizer Weltkulturstätte anerkannt, darunter das Dorf Storen/Wildsberg). Im Greifenseegebiet existierten folgende Dörfer: Greifensee Böschen, Greifensee Furen, Greifensee Storen, Uster Riedikon, Maur Uessikon, Maur Schifflände, Maur Weierwis, Fällanden Rietspitz und Schwerzenbach Suelen.
Der Greifensee, der ursprünglich "Glatse" hiess, übernahm seinen Namen ausgangs Mittelalter vom Ort und nicht umgekehrt. Dieser Name hat im Gegensatz zur vielverbreiteten Meinung nichts mit dem See-Ausfluss "Glatt" zu tun, sondern stammt aus dem Althochdeutschen "glat" = glänzend, schimmernd, hell, klar.
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